Primeiro instale o modulo wsgi no apache2, habilite o modulo.

No virtualhost onde vai rodar o web2py como sub pasta, efetuar as seguintes

modificações:

## No virtualhost do apache2
## Já com o modulo wsgi habilitado

WSGIScriptAlias /web2py /var/www/web/web2py/wsgihandler.py

## No web2py

cp routes.example.py routes.py

## Altere as linhas abaixo igual aqui

routes_in=(('/web2py/(?P<a>.*)','/\g<a>'),)
routes_out=(('/(?P<a>.*)','/web2py/\g<a>'),)


## Depois é só reniciar o apache2
## Pronto está funcionando na seguinte URL
## http://www.dominio.com.br/web2py/

Eu uso o Opensuse como Servidor Web, isso fica bem fácil.